Ditetapkan selama Perang Dingin, Soviet — dipimpin oleh Irina Spalko yang memegang pedang — sedang mencari tengkorak kristal yang memiliki kekuatan supernatural yang terkait dengan Kota Emas Hilang yang mistis. Indy dipaksa pergi ke Peru atas perintah seorang pemuda yang temannya — dan kolega Indy — Profesor Oxley telah ditangkap karena mengetahui keberadaan tengkorak itu.